L'huile de colza peut alimenter les moteurs diesel sans difficulté dans la plupart des cas.

Dans les moteurs à injection directe et en présence de certains types d'injecteurs et de boîtiers de commande, cependant, l'huile de colza peut ne pas convenir car l'huile est beaucoup plus visqueuse que le diesel et doit être préchauffée et mélangée pour être bien atomisée par les injecteurs.

En cas de mauvaise combustion, en effet, de gros dépôts peuvent se former dans les cylindres et la partie grasse de l'huile en hiver peut se solidifier, obstruant les conduits.