Le malformazioni riguardano sia i cani maschi che i cani femmina. Per riscontrare anomalie e malformazioni è fondamentale una visita veterinaria.
Per quanto riguarda i cani maschi:
Ectopia testicolare cioè un anomalo posizionamento di uno o due testicoli a livello addominale, a livello inguinale oppure inguino-addominale. Alla nascita i testicoli sono posizionati nella cavità addominale e discendono nello scroto nelle prime due settimane di vita ma occorre attendere sino alla pubertà per essere sicuri di non trovarsi difronte a qualche anomalia. L'ectopia può essere destra, sinistra o bilaterale e colpisce il 10% dei cani adulti. E' di origine ereditaria. La cura deve essere medica ma spesso è consigliabile la chirurgia che prevede l'asportazione del testicolo ectopico.
Monorchidismo costituita da una malformazione a carico dei testicoli che comporta la presenza di un solo testicolo. E' preferibile non far riprodurre il cane in quanto la tara è trasmissibile;
Ipoplasia genitale che è la mancanza di alcuni componenti dell'apparato genitale che può colpire maschi e femmine. Il cane che ne è colpito è sterile;
Fimosi è un'anomalia che comporta la riduzione d'ampiezza del foro prepuziale. Può essere congenita o acquisita: se congenita si può intervenire chirurgicamente, se acquisita si deve curare l'affezione che ha provocato il problema:
Ipospadia anomalia che si verifica quando l'uretra è posizionata in modo anomalo rispetto al pene
Per quanto riguarda le femmine:
Ipoplasia genitale (di cui abbiamo già dato alcuni accenni)
Morfologia anormale della vulva, che ostruisce l'accesso del pene e rende così difficile se non addirittura impossibile l'accoppiamento. Può essere congenita o acquisita a seguito di traumatismi.